Ezt a részt ilyenné alakítottam, ahogy mondtad:

const char* input[] = {"mars20090216_0000+3.nc2",
"mars20100210_0000+24.nc2",
"mars20090216_0000+6.nc2" };

+ javítottam a ciklusokban az elírást.

Ezzel a *-gal én még hadilábon állok, nem tudom, hogy az input[] és output tömböket kell-e még definiálni, vagy ez elég:
const char* input[] = {"mars20090216_0000+3.nc2",
"mars20100210_0000+24.nc2",
"mars20090216_0000+6.nc2" };

Abban sem vagyok biztos, hogy ez utóbbit a main-en belül vagy kívül kell definiálni, ha belül hagyom, akkor Segmentation fault a vége, ha kívül, akkor no such file or directory hiba.

A for cikluson belül elég akkor így?
nc_open(input[m], NC_NOWRITE, &ncid)

nem kell se & se * az input elé?