El van rontva a MySQL lekérdezésed, hiba van benne a hozzászólásban felsorolt 3 file valamelyik leírt sora körül.
Ha jól tippelek, akkor az index.php elsõ sorában includeolt prepend.php 115 sora körül, vagy az abban sorban használt cucc 36. sorában talán.

Látni kellene hozzá a phpkat.

A 3ezer soros tábla nem szabad hogy megviselje az adatbázist, pontosabban ahhoz nagyon-nagyon el kell rontani a lekérdezést, hogy érezhetõ idõbe kerüljön lekérdezni egy ekkora táblát. Vagy legalább 2-3-4 join kell bele, hogy lassuljon.